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未命名类群 2782 →（56,862种）

未命名类群 2882 →（56,762种）
- 未命名类群 16662 →（42,982种）
- MB-A2-108 →（3种）
- Nitriliruptoria →（11种）
- OPB41 →（2种）
- 未命名类群 2883 →（13,762种）
- Olegusella massiliensis
- Coriobacteriia 细菌〔说明类群〕 (Coriobacteriia bacterium)
OPB54 →（3种）
未命名类群 2791 →（88种）
Thermolithobacterales →（2种）
- Thermolithobacter carboxydivorans
- Thermolithobacter ferrireducens
林诺脊索菌纲 (Limnochordia) →（2种）
- Limnochorda pilosa
- Limnochordia 细菌〔说明类群〕 (Limnochordia bacterium)
D8A-2 →（2种）
- 未培养的 Thermoanaerobacteraceae 细菌〔说明类群〕 (uncultured Thermoanaerobacteraceae bacterium)
- Firmicutes 细菌富集培养克隆 VNBB003〔说明类群〕 (Firmicutes bacterium enrichment culture clone VNBB003)
未培养的 Moorella 类群细菌〔说明类群〕 (uncultured Moorella group bacterium)
Candidatus Borkfalkia ceftriaxoniphila
铁还原型细菌富集培养克隆 HN-HFO75〔说明类群〕 (iron-reducing bacterium enrichment culture clone HN-HFO75)

候选门 JS1〔说明类群〕 (Candidate division JS1) →（8种）

候选门 WS3〔说明类群〕 (Candidate division WS3) →（10种）

未培养的〔说明类群〕 (uncultured) →（34种）

未命名类群 2718 →（13种）

Milano-WF1B-44 →（2种）

Candidatus Cryosericota →（4种）

Izhakiella →（2种）

Shimwellia →（2种）

候选门 KB1〔说明类群〕 (Candidate division KB1) →（12种）

Arenicellaceae →（15种）

E01-9C-26 海洋类群〔说明类群〕 (E01-9C-26 marine group) →（5种）

Candidatus Muproteobacteria →（15种）

候选门 WS6〔说明类群〕 (Candidate division WS6) →（53种）

Candidatus Curculioniphilus →（9种）

西地西菌属 (Cedecea) →（12种）

Candidatus Blochmannia →（27种）

特拉布斯氏菌属 (Trabulsiella) →（4种）

胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbionts) →（9种）

候选门 OD1〔说明类群〕 (Candidate division OD1) →（8种）

TA06 →（21种）

候选门 SR1〔说明类群〕 (Candidate division SR1) →（17种）

· 装甲菌门 (Armatimonadetes) →（20种）

布丘氏菌属 (Buttiauxella) →（12种）

Candidatus Macropleicola →（2种）

候选门 BRC1〔说明类群〕 (Candidate division BRC1) →（16种）

SC3-20 →（3种）

KI89A 演化支〔说明类群〕 (KI89A clade) →（3种）

Pseudocitrobacter →（2种）

NKB5 →（3种）

Thorselliaceae →（5种）

BD1-5 →（2,235种）

Parcubacteria 类群〔说明类群〕 (Parcubacteria group) →（1,426种）
- Candidatus Uhrbacteria →（84种）
- Candidatus Parcubacteria →（2种）
- Candidatus Falkowbacteria →（68种）
- Candidatus Staskawiczbacteria →（44种）
- Candidatus Harrisonbacteria →（17种）
- Candidatus Tagabacteria →（9种）
- Candidatus Colwellbacteria →（16种）
- Candidatus Taylorbacteria →（45种）
- Candidatus Nealsonbacteria →（68种）
- Candidatus Azambacteria →（42种）
- Candidatus Campbellbacteria →（16种）
- Candidatus Veblenbacteria →（6种）
- Candidatus Wolfebacteria →（41种）
- Candidatus Yanofskybacteria →（83种）
- Candidatus Portnoybacteria →（40种）
- Candidatus Brennerbacteria →（8种）
- Candidatus Terrybacteria →（11种）
- Candidatus Wildermuthbacteria →（29种）
- Candidatus Komeilibacteria →（19种）
- Candidatus Kaiserbacteria →（86种）
- Candidatus Buchananbacteria →（22种）
- Candidatus Zambryskibacteria →（61种）
- Candidatus Yonathbacteria →（24种）
- Candidatus Sungbacteria →（24种）
- Candidatus Ryanbacteria →（21种）
- Candidatus Lloydbacteria →（15种）
- Candidatus Adlerbacteria →（15种）
- Candidatus Spechtbacteria →（9种）
- Candidatus Giovannonibacteria →（66种）
- Candidatus Niyogibacteria →（6种）
- Candidatus Kuenenbacteria →（20种）
- Candidatus Andersenbacteria →（10种）
- Candidatus Nomurabacteria →（153种）
- Candidatus Jorgensenbacteria →（23种）
- Candidatus Vogelbacteria →（13种）
- Candidatus Moranbacteria →（86种）
- Candidatus Kerfeldbacteria →（16种）
- Candidatus Liptonbacteria →（14种）
- Candidatus Jacksonbacteria →（13种）
- Candidatus Magasanikbacteria →（81种）
Microgenomates 类群〔说明类群〕 (Microgenomates group) →（795种）
- Candidatus Woesebacteria →（158种）
- Candidatus Chisholmbacteria →（6种）
- Candidatus Daviesbacteria →（63种）
- Candidatus Shapirobacteria →（44种）
- Candidatus Gottesmanbacteria →（66种）
- Candidatus Blackburnbacteria →（13种）
- Candidatus Curtissbacteria →（53种）
- Candidatus Woykebacteria →（15种）
- Candidatus Roizmanbacteria →（132种）
- Candidatus Collierbacteria →（53种）
- Candidatus Levybacteria →（91种）
- Candidatus Pacebacteria →（36种）
- Candidatus Amesbacteria →（37种）
- Candidatus Beckwithbacteria →（26种）
- Candidatus Microgenomatus auricola
- Candidatus Cerribacteria 细菌 Amazon FNV 2010 28 9〔说明类群〕 (Candidatus Cerribacteria bacterium Amazon FNV 2010 28 9)
Gracilibacteria 细菌口腔分类单元 873〔说明类群〕 (Gracilibacteria bacterium oral taxon 873)
未培养的 Candidatus Gracilibacteria 细菌〔说明类群〕 (uncultured Candidatus Gracilibacteria bacterium)
Gracilibacteria 细菌口腔分类单元 871〔说明类群〕 (Gracilibacteria bacterium oral taxon 871)
未培养的候选门 GN10 细菌〔说明类群〕 (uncultured candidate division GN10 bacterium)
Gracilibacteria 细菌犬口腔分类单元 291〔说明类群〕 (Gracilibacteria bacterium canine oral taxon 291)
Gracilibacteria 细菌犬口腔分类单元 394〔说明类群〕 (Gracilibacteria bacterium canine oral taxon 394)
未培养的细菌 GKS2-30〔说明类群〕 (uncultured bacterium GKS2-30)
Gracilibacteria 细菌犬口腔分类单元 364〔说明类群〕 (Gracilibacteria bacterium canine oral taxon 364)
Gracilibacteria 细菌犬口腔分类单元 323〔说明类群〕 (Gracilibacteria bacterium canine oral taxon 323)
细菌 WH3-1〔说明类群〕 (bacterium WH3-1)
Candidatus Altimarinus pacificus
未培养的细菌 GKS2-174〔说明类群〕 (uncultured bacterium GKS2-174)
混合培养物分离株 koll6〔说明类群〕 (mixed culture isolate koll6)
Gracilibacteria 细菌口腔分类单元 872〔说明类群〕 (Gracilibacteria bacterium oral taxon 872)

Candidatus Lambdaproteobacteria →（6种）

Orbaceae →（21种）

Sva0071 →（2种）

Caldisericales →（5种）

候选门 OP3〔说明类群〕 (Candidate division OP3) →（5种）

拉乌尔菌属 (Raoultella) →（20种）

Candidatus Steffania →（3种）

Bacterium →（5种）

BD7-8 海洋类群〔说明类群〕 (BD7-8 marine group) →（6种）

候选门 OP11〔说明类群〕 (Candidate division OP11) →（9种）

TA18 →（3种）

布戴约维采菌科 (Budviciaceae) →（6种）

摩根氏菌属 (Morganella) →（3种）

候选门 OP9〔说明类群〕 (Candidate division OP9) →（3种）

Candidatus Vidania →（4种）

候选门 OP8〔说明类群〕 (Candidate division OP8) →（5种）

Candidatus Schneideria →（5种）

RF3 →（3种）

TM6 →（10种）

克吕沃尔氏菌属 (Kluyvera) →（12种）

HOC36 →（5种）

内生的细菌 CR1b〔说明类群〕 (endophytic bacterium CR1b)

Candidatus Purcelliella pentastirinorum

Colobopsis shohki 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Colobopsis shohki)

Serratia marcescens W2.3

Enterobacteriaceae 细菌富集培养克隆 AP-FeEnrich23〔说明类群〕 (Enterobacteriaceae bacterium enrichment culture clone AP-FeEnrich23)

Formica fusca 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Formica fusca)

Thermotogales str. BHI80-139

未培养的 Banisveld 填埋场的细菌 BVB22〔说明类群〕 (uncultured Banisveld landfill bacterium BVB22)

Aquamonas haywardensis

Liposcelis decolor 宿主种群 HNZZ 的初级胞内共生体〔说明类群〕 (primary endosymbiont of Liposcelis decolor host pop. HNZZ)

Candidatus Kleidoceria schneideri

Polyrhachis ypsilon 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Polyrhachis ypsilon)

Curculio hachijoensis 的 Sodalis 胞内共生体〔说明类群〕 (Sodalis endosymbiont of Curculio hachijoensis)

Escherichia marmotae

未培养的候选门 WS5 细菌〔说明类群〕 (uncultured candidate division WS5 bacterium)

未培养的细菌 GKS2-91〔说明类群〕 (uncultured bacterium GKS2-91)

未培养的土壤的细菌 PBS-25〔说明类群〕 (uncultured soil bacterium PBS-25)

Immundisolibacter cernigliae

Candidatus Benitsuchiphilus tojoi

Polyrhachis dives 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Polyrhachis dives)

Heteropsylla cubana 的次级胞内共生体〔说明类群〕 (secondary endosymbiont of Heteropsylla cubana)

Gibbsiella greigii

Enterobacter hormaechei ATCC 49162

Ctenarytaina eucalypti 的次级胞内共生体〔说明类群〕 (secondary endosymbiont of Ctenarytaina eucalypti)

Serratia entomophila

细菌 NTL237〔说明类群〕 (bacterium NTL237)

Acidihalobacter prosperus

细菌 NTL344〔说明类群〕 (bacterium NTL344)

Enterobacteriaceae 细菌 UYSO8〔说明类群〕 (Enterobacteriaceae bacterium UYSO8)

Polyrhachis hippomanes 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Polyrhachis hippomanes)

Marinagarivorans algicola

细菌 NTL235〔说明类群〕 (bacterium NTL235)

Plagiolepis manczshurica 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Plagiolepis manczshurica)

未培养的 Chromatiales 细菌〔说明类群〕 (uncultured Chromatiales bacterium)

γ-变形菌 SS-5〔说明类群〕 (gamma proteobacterium SS-5)

Calophya schini 的次级胞内共生体〔说明类群〕 (secondary endosymbiont of Calophya schini)

Candidatus Stammerula tephritidis

Superficieibacter electus

Olavius crassitunicatus γ-变形菌的胞内共生体〔说明类群〕 (Olavius crassitunicatus gamma-proteobacterial endosymbiont)

未培养的真细菌 WCHB1-60〔说明类群〕 (uncultured eubacterium WCHB1-60)

Colobopsis nipponicus 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Colobopsis nipponicus)

细菌 S13Fe21〔说明类群〕 (bacterium S13Fe21)

Biostraticola tofi

Plagiolepis pigmaea 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Plagiolepis pigmaea)

未培养的细菌 W4-21b〔说明类群〕 (uncultured bacterium W4-21b)

Enterobacillus tribolii

Rhodothermia 细菌〔说明类群〕 (Rhodothermia bacterium)

Nippolachnus piri 的类似 Sodalis 的共生体〔说明类群〕 (Sodalis-like symbiont of Nippolachnus piri)

Limnobaculum parvum

Candidatus Westeberhardia cardiocondylae

Heliothis virescens 精巢的胞内共生体〔说明类群〕 (Heliothis virescens testis endosymbiont)

Polyrhachis lamellidens 的胞内共生体〔说明类群〕 (endosymbiont of Polyrhachis lamellidens)

未培养的厌氧的细菌〔说明类群〕 (uncultured anaerobic bacterium)

细菌富集培养克隆 E26〔说明类群〕 (bacterium enrichment culture clone E26)

类志贺邻单胞菌〔种〕 (Plesiomonas shigelloides)

细菌 NTL338〔说明类群〕 (bacterium NTL338)

以下类群的演化树根部：生物 (biota)

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